Desde el año 2022, el proyecto de reubicación de las vías del ferrocarril comenzó oficialmente con el anuncio por parte del Gobierno Federal y estudios de factibilidad, los cuales fueron realizados por personal de la Secretaría de la Defensa Nacional (ahora Defensa), quienes también han organizado y llevado a cabo la ejecución de la obra, definiendo los trazos para desviar el tráfico del centro de la ciudad hacia el oriente de la misma y al final de la colonia Buenos Aires.
Fue en 2023, cuando comenzaron las labores de construcción y desmonte de los sectores designados del nuevo trazo, y este periodo se caracterizó por el despliegue de maquinaria pesada y la instalación de campamentos militares para supervisar la obra, además de que fue en ese tiempo cuando se anunció que el diseño incluiría un túnel de 2 kilómetros, desde la zona del Embarcadero y hacia el oriente, a un costado de la línea fronteriza.
Para el 2024, la obra se concentró en las excavaciones subterráneas y la cimentación de puentes, no solo en el municipio de Nogales, sino también en localidades cercanas como Ímuris, ejidos cercanos a Santa Cruz y otros sitios, que fue cuando el proyecto incremento su presupuesto de 12 a 17 mil millones de pesos, de un estimado inicial de 6 mil 800 millones.
De acuerdo a los informes de la Gerencia de Proyectos de la Defensa, en el primer trimestre de 2025, se completó la perforación del túnel principal y se inició la instalación de durmientes y rieles en los tramos nivelados con una extensión ya completada de 63 kilómetros, además de que se comenzó el trabajo en el patio de maniobras y otras estructuras al oriente de Nogales, Sonora.
En este 2026, de acuerdo a declaraciones por parte de autoridades militares a medios nacionales, el proyecto debe de culminarse, sin embargo, la mayoría de los contratos de las personas involucradas en la construcción de esta infraestructura se vencieron en septiembre de 2025 y a la fecha es poco el movimiento y la maquinaria que puede observarse en los sitios de trabajo hacia esta reubicación.
A pesar de una supuesta inversión estimada de 9 mil millones de pesos hasta el 1 de julio de 2025, tras un recorrido aéreo por la zona de la obra, son escasas las estructuras que pueden observarse en lo que serán los nuevos patios de maniobras del Ferrocarril en Nogales y si bien fuera de los rumores de que los ingresos a los túneles se encontraban en mal estado, estos se encuentran por lo visible abiertos, sin embargo son pocas personas las que se encuentran supervisando el lugar, sin la presencia de maquinaria o trabajadores realizando adecuaciones en los espacios.
Desde su inicio, la obra y las acciones de los encargados de su construcción, han compartido escaza o nula información sobre los avances o procesos que se llevan a cabo en los sitios bajo la protección de que se trata de un tema de “Seguridad Nacional”, a pesar de que las estructuras, fuera de la zona subterránea, pueden observarse a plena luz del día, por lo que si bien se ha informado sobre diferentes logros en el avance de esta instalación, no se conoce a ciencia cierta el estado de las inversiones o porcentaje hacia la terminación de este proyecto que luce sin actividad en abril de 2026.