Aunque la aprobación fue unánime, el debate estuvo marcado por las preocupaciones de la oposición sobre la viabilidad financiera de la reforma y la falta de acción del gobierno para atender las necesidades de estas comunidades.
El diputado de Movimiento Ciudadano, Gildardo Pérez Gabino, criticó la inacción del gobierno ante el desplazamiento de comunidades mixtecas y tlapanecas en Guerrero, atribuyendo la situación a la influencia del narcotráfico. También cuestionó el uso del término "afromexicanos", argumentando que la identidad mexicana no necesita tal diferenciación.
Desde el PAN, el diputado Asael Hernández expresó inquietudes sobre la viabilidad financiera de la reforma, señalando que, aunque la Secretaría de Hacienda afirmó que no habría impacto presupuestal, el Centro de Estudios de Finanzas Públicas contradijo esta afirmación. Genoveva Huerta Villegas, también del PAN, anunció su apoyo a la reforma, pero criticó la falta de avances en la reducción de la pobreza durante el gobierno actual.
Leticia Barrera Maldonado del PRI, manifestó su apoyo a la reforma, destacando la responsabilidad de la oposición de respaldar iniciativas que beneficien a la población. José Alejandro López Sánchez del PT consideró que la reforma permitirá la recuperación de la grandeza de los pueblos originarios, mientras que Iván Marín Rangel del PVEM celebró el reconocimiento de la medicina tradicional en el nuevo marco legal.
La reforma reconoce derechos fundamentales de las comunidades indígenas y afromexicanas, como el derecho a ser consultadas sobre reformas legislativas y políticas públicas. También establece que estas comunidades podrán definir el uso de los recursos públicos destinados a ellas mediante consulta popular, y tendrán el derecho de operar sus propios medios de comunicación. Además, se contempla la mejora del acceso a Internet en estas comunidades.
Tras la aprobación en lo general, se inició el debate en lo particular, donde se discutirán los detalles específicos de la reforma.