La presidenta Sheinbaum ha planteado duplicar los kilómetros de vías construidos durante el gobierno anterior, con la meta de desahogar las vialidades saturadas por el tráfico de carga y vehículos particulares que transitan diariamente entre la Ciudad de México y Querétaro. El proyecto contempla dos estaciones en Querétaro: una en el Aeropuerto Internacional de Querétaro (AIQ) y otra en la capital del estado. Aunque se había planteado una estación en San Juan del Río, esta finalmente se ha descartado.
El gobierno federal financiará en su totalidad la construcción del Tren México-Querétaro, mientras que el gobierno estatal se encargará de la apertura de vialidades y la liberación de las vías. Sin embargo, el gobierno de Querétaro ha descartado la participación de empresas locales en la construcción del proyecto. Debido a la magnitud de la obra, se llevará a cabo una licitación internacional, buscando empresas con la capacidad de invertir los recursos necesarios.
El gobernador de Querétaro, Mauricio Kuri González, ha confirmado que Jesús Antonio Esteva Medina, titular de la Secretaría de Infraestructura, Comunicaciones y Transportes (SICT), ya se encuentra en la etapa de planeación para iniciar las obras.
Más allá del Tren México-Querétaro, el gobierno de Sheinbaum busca relanzar rutas ferroviarias estratégicas en el país. Entre ellas se encuentran:
- Ciudad de México-Querétaro, pasando por el Estado de México.
- Querétaro-San Luis Potosí.
- Saltillo-Monterrey-Nuevo Laredo.
- Querétaro-Guadalajara hasta Nogales, pasando por Tepic, Mazatlán, Culiacán y Hermosillo.
- México-Puebla-Veracruz, del tren de pasajeros.
El domingo 6 de octubre, la presidenta Sheinbaum dará el banderazo de salida al Tren México-Pachuca, un proyecto que permitirá conectar la Ciudad de México con la capital hidalguense a través de cuatro estaciones principales: AIFA, Huitzila, Téllez y Pachuca.