La expulsión, según el PAN, busca mantener la integridad y los valores del partido, además de garantizar el respeto a las decisiones tomadas por el mismo. La presidenta del PAN, Marisol Vargas Bárcena, explicó que la medida se adoptó tras un análisis cuidadoso de las circunstancias y en cumplimiento con los principios y normas del partido.
El conflicto surge del voto de Yunes Márquez a favor de la reforma judicial, que concedió a Morena y sus aliados la mayoría calificada necesaria para aprobar la propuesta del expresidente López Obrador. La decisión de Yunes Márquez contrasta con su postura inicial, pues días antes se había unido a su bancada para pronunciarse en contra de la iniciativa.
En respuesta a la expulsión, Yunes Linares, quien fungió como suplente de su hijo, ha asegurado que ni él ni su hijo "traicionaron" a nadie, y que defenderán su lugar en el partido. Sin embargo, los Estatutos Generales de Acción Nacional dejan claro que las resoluciones de la Comisión de Orden y Disciplina, incluyendo la expulsión de militantes, son definitivas.
La participación de Yunes Márquez en la discusión de la reforma judicial estuvo marcada por la polémica. Horas antes de la votación, cortó comunicación con su bancada y solicitó una licencia a su cargo por problemas de salud. Su lugar fue ocupado por su padre, quien en una conferencia de prensa declaró que era "libre" de votar distinto a lo que se comprometió su hijo.
Tras el cambio de sede en el Senado, provocado por la irrupción de manifestantes, Yunes Márquez se reincorporó y confirmó su voto a favor de la reforma, justificándolo como una contribución para un ambiente de "estabilidad y armonía" en el cambio de gobierno.
El expresidente López Obrador negó que él o los legisladores de Morena y sus aliados hayan negociado con Yunes Linares o su hijo para obtener su apoyo. Por su parte, la entonces presidenta electa, Claudia Sheinbaum, aseguró que la acción del senador panista sería reconocida en la historia de México.