Su romance, que comenzó en 1979, parecía sacado de una película romántica, con ambos colaborando en 13 películas que los catapultaron a la cima de la industria. Pero detrás de la fachada de éxito, la relación se desmoronó en los años 90, dejando a su paso un torbellino de acusaciones, controversias y una batalla legal por la custodia de sus hijos.
La acusación más grave que ha perseguido a Allen es la de abuso contra Dylan Farrow, hija adoptiva de Mia, cuando la niña tenía siete años. Él ha negado rotundamente las acusaciones, mientras que Mia ha mantenido su postura, acusando a Allen de manipulación y de buscar la custodia de sus hijos con el objetivo de desprestigiarla.
La situación se complicó aún más con la aparición de Soon-Yi Previn, otra hija adoptiva de Farrow, en la vida de Allen.
En medio de esta compleja trama, la postura de Mia Farrow respecto a los actores que trabajan con Allen ha sido de comprensión. En una entrevista reciente, la actriz comentó que
Entiendo perfectamente que un actor decida trabajar con él. No soy de las que dicen: 'Oh, no deberían hacerlo'Farrow, reconociendo la complejidad de la situación, ha dejado claro que no es su papel dictar las decisiones profesionales de otros.
A pesar de que algunos actores han expresado públicamente su arrepentimiento por haber trabajado con Allen, otros, como Javier Bardem, han defendido al director, argumentando que nunca fue condenado por las acusaciones en su contra.