Sin embargo, un velo de controversia se apoderó del ambiente, y la atención se centró en un detalle que nadie esperaba: la ausencia de Laura Zapata, hermana de Ernestina, en el funeral. De acuerdo con la periodista Liz López, Laura Zapata fue impedida de asistir al Panteón Francés, donde descansan los restos de su hermana. La polémica se intensificó cuando se especuló que Camila Sodi o Thalía tomaron la decisión de evitar su ingreso al panteón, aunque no hay una confirmación oficial de esto.
La emisión del programa "Todo para la Mujer" mencionó que Laura Zapata envió un mensaje a su media hermana días antes de su muerte, donde expresaba su perdón y el deseo de reconciliación. "Me comentaron, que al parecer sí alcanzaron a decirle las palabras al oído que le dijo Laura Zapata, sin embargo que no era tan bienvenida en el funeral. La persona de la recepción tenía la orden de no dejarla pasar en caso de que se apareciera", mencionaron en la emisión.
A pesar de la controversia, Laura Zapata declaró a la prensa que no tenía intención de asistir al funeral ni al entierro. "De ninguna manera porque considero que sería desviar la nota, yo quiero que la nota sea que ella se fue, que ella partió, no que si Laura vino, Laura no vino", dijo el 9 de noviembre.
El funeral de Ernestina Sodi fue privado y solo asistieron familiares y amigos cercanos. Camila Sodi, visiblemente conmovida, dedicó emotivas palabras a su madre durante la ceremonia. Aunque la escritora era cristiana, se ofició una misa católica y sus restos fueron enterrados en el Panteón Francés. Thalía, quien ha estado en México por la situación, seguirá asistiendo a misas por el eterno descanso de su hermana.